O trabalho de gestão participativa dos recursos hídricos na Bacia do Alto Jaguaribe, realizado pela COGERH, teve como marco inicial o envolvimento dos municípios desta Bacia (Quixelô, Iguatu, Orós e Icó) no I Seminário dos Usuários de Água dos Vales Perenizados do Jaguaribe e Banabuiú, realizado no município de Jaguaribe em julho de 1994. Os representantes desses municípios também fizeram parte da Comissão de Usuários dos Vales Perenizados do Jaguaribe e Banabuiú, formada naquela oportunidade, com o objetivo de discutir conjuntamente com a COGERH, a gestão das águas naquele Vale e redefinir o modelo de gestão das águas na bacia hidrográfica dos rios Jaguaribe e Banabuiú.

Em 1995 foram realizadas reuniões com os representantes de cada sub-bacia hidrográfica, com o objetivo de iniciar a estruturação do processo de apoio à organização dos usuários das águas que ficaram conhecidas como as Reuniões das Entidades de Usuários das Águas das Bacias do Jaguaribe.

Em 1996, foram realizados os encontros municipais em Iguatu, Orós, Quixelô e Icó, cujo objetivo seria fomentar a organização dos usuários de água nessa região direcionada para o fortalecimento do processo de alocação participativa de água nos vales do Jaguaribe e Banabuiú.

O início do processo de constituição do Comitê tem como marco a realização da Reunião da Bacia Hidrográfica do Alto Jaguaribe, em 27 de novembro de 1998, na cidade de Iguatu, contando com a participação de 21 instituições, dos municípios de Iguatu, Icó, Quixelô e Orós. No dia 26 de novembro de 1999, em Iguatu, foi realizado o I Seminário dos Usuários de Água da Sub-Bacia Hidrográfica do Alto Jaguaribe e em 07 de dezembro de 2000, no município de Assaré, foi realizado o II Seminário de Planejamento da Sub-Bacia do Alto Jaguaribe. No dia 14 de dezembro de 2001, em Iguatu, foi realizado o congresso de constituição do Comitê, onde foi aprovado o regimento do Comitê e foram eleitos os membros do primeiro mandato.

O Comitê foi criado pelo Decreto nº 26.603, de 14 de maio de 2002, e instalado em 27 de junho de 2002. É constituído por 40 instituições membros, estando estas representadas nos seguintes segmentos: sociedade civil (30%) – 12 instituições; usuários (30%) – 12 instituições; poder público municipal (20%) – 08 instituições; poder público estadual e federal (20%) – 08 instituições.

No ano de 2019 o Regimento Interno do Comitê foi atualizado e sua composição passou a 50 instituições membros, mantendo a divisão percentual por segmentos: 30% da sociedade civil (15 membros), 30% usuários de água (15 membros), 20% poder público municipal (10 membros), 20% poder público estadual e federal (10 membros).