De acordo com o seu Regimento Interno, são atribuições do Comitê da Sub-Bacia Hidrográfica do Alto Jaguaribe:
Art. 3º São atribuições do CSBHAJ:
I – promover o debate de questões relacionadas a recursos hídricos e articular a atuação com entidades interessadas;
II – propor a elaboração e aprovar o Plano de Recursos Hídricos da Bacia Hidrográfica;
III – arbitrar, em primeira instância administrativa, os conflitos relacionados aos recursos hídricos;
IV – fornecer subsídios para a elaboração do relatório anual sobre a situação dos recursos hídricos da bacia hidrográfica;
V – acompanhar a implementação do plano de recursos hídricos da bacia hidrográfica e sugerir as providências necessárias ao cumprimento de suas metas;
VI – propor ao CONERH, critérios e mecanismos a serem utilizados na cobrança pelo uso de recursos hídricos e sugerir os valores a serem cobrados;
VII – estabelecer os critérios para o rateio de custo das obras de uso múltiplo, de interesse comum ou coletivo;
VIII – propor ao CONERH programas e projetos a serem executados com recursos oriundos do Fundo Estadual dos Recursos Hídricos – FUNERH;
IX – constituir Comissões Específicas e Câmaras Técnicas definindo, no ato de criação, sua composição, atribuições e duração;
X – acompanhar a aplicação dos recursos advindos da cobrança pelo uso dos recursos hídricos;
XI – aprovar a proposta de enquadramento de corpos d’água em classes de uso preponderante das Bacias Hidrográficas;
XII – discutir e aprovar anualmente em conjunto com a Instituição de Gerenciamento de Recursos Hídricos, os parâmetros para alocação de água dos Sistemas Hídricos da Bacia Hidrográfica e dos Vales Perenizados;
XIII – propor ao órgão gestor de recursos hídricos, em períodos críticos, a elaboração e implementação de planos emergenciais possibilitando uma melhor convivência com a situação de escassez e cheias;
XIV – constituir e homologar Comissões Gestoras de Sistemas Hídricos, organismos de bacia vinculados ao Comitê que auxiliam na gestão dos recursos hídricos, sejam naturais ou artificiais, conforme o art. 25 do Decreto nº 32.470/2017;
XV – conhecer sobre os seguintes assuntos apresentados pela Companhia de Gestão dos Recursos Hídricos – COGERH, conforme art. 51, inciso VIII, da Lei n° 14.844/2010:
a) estudos para o enquadramento dos corpos d’água nas classes de usos preponderantes;
b) valores a serem cobrados pelo uso dos recursos hídricos;
c) planos de aplicação dos recursos financeiros arrecadados com a cobrança pelo uso dos recursos hídricos.